Ve hře Fossil Fighters Frontier se zhostíte role mladého Fossil Wardena a vašim úkolem nebude nic menšího, než ochránit drahocenné Fossil parky po celém světě před ukrutným padouchem, doktorem Baronem von Blackravenem. Ten zamýšlí ovládnout svět za pomoci síly Vivosaurů - extrémně silných dinosaurů! Ve hře na vás bude čekat ohromný 3D svět plný skrytých tajemství k odhalení, kterým budete křižovat ve své vlastní upravitelné Bone Buggy. Pátrejte po drahocenných fosiliích, vykopejte je a oživte z nich Vivosaury. Posléze můžete tyto Vivosaury - kterých je ve hře k objevení přes 80 - posílat proti vašim nepřátelům do tahových bitev.
Abyste získali silnou sestavu Vivosaurů, odkrývejte v divočině dinosauří fosílie za použití dotykové obrazovky vašeho přístroje z rodiny Nintendo 3DS - čím šetrněji pak budete provádět vaše výkopové práce, tím silnější v bitvě pak z oživení Vivosauři budou. Naštěstí pro všechny výzkumníky lze ve hře najít řadu vylepšitelných nástrojů jako jsou vrtačky nebo kladívka a následně je použít při tomto zábavném a intuitivním procesu. Na vybraných nalezištích lze dokonce podstoupit speciální výzvy, jejichž splněním získáte přístup k cenným a sílu zvyšujícím fosiliím.
Hledání fosilií a sbírání oživených Vivosaurů ovšem představuje pouze část zábavy, protože tato prehistorická stvoření budete dále posílat do epických bitev! Všichni Vivosauři spadají do jedné z pěti elementálních kategorií - Voda, Oheň, Vzduch, Země a Neutrální - a disponují řadou odlišných útoků a speciálních schopností. Ve hře je mnoho odlišných druhů bitev včetně příběhových bitev v průběhu hlavní kampaně, každodennních turnajů přístupných z Fossil stadiónu nebo StreetPass bitev, které nechají hráče trénovat proti Vivosaurům získaným pomocí funkce StreetPass.
Ať už se svými přáteli rádi objevujete neznámé, nebo s nimi raději svádíte epické bitvy, hra Fossil Fighters Frontier má hned několik multiplayerových možností, jak s nimi sdílet místní prehistoricky laděná dobrodružství. Při použití funkce lokálního multiplayeru je možné vytvořit tým až o třech hráčích, vlastnících přístroj z rodiny Nintendo 3DS a hru Fossil Fighters Frontier, a bojovat tak s nepřátelskými Vivosaury bok po boku nebo dokonce naštívit místní vykopávky. Hráči cestují ve svých vlastních Bone Buggy a mohou dokonce spolupracovat s cílem odkrýt extra velké fosílie mnohem efektivněji, než kdyby se o to pokoušeli každý zvlášť. Hra navíc obsahuje funkci lokálních bitev až pro šest hráčů nebo lokální týmové turnaje až pro tři přátele v jednom týmu. Hráči s širokopásmovým internetovým připojením mohou navíc soupeřit v bitvách jeden na jednoho o pozice v měsíčních online žebříčcích.
